自由学園の建学の精神はキリスト教精神による「真の自由人をつくる」。これを基に、自ら主体的に学び、考える力、仲間と協力して物事に取り組み、課題を解決していく力を身につけ、生きる指針となる価値観を育てる独自の人間教育「共生共創」を行っている。

自由学園男子部の教育理念は、Thought Technique Faith（思想・技術・信仰）。「愛」にあふれ、「自由」に生き、「平和」を実現する人間を育む人間教育を実施。人生を自ら輝かせ、よりよい未来を作る真のリーダーの育成を目標としている。

10万㎡の広さを持つ自然あふれるキャンパスが有名な同学園。幼児生活団（幼稚園）、初等部、中等部・高等部（男女別）、最高学部（大学部）が同じキャンパスで学んでいる。20世紀の世界的な建築家、フランク・ロイド・ライトの弟子である日本人建築家により、昭和初期に建てられた美しい校舎は、5棟が「東京都選定歴史的建造物」に指定されており、男子部体操館はそのうちの1つ。校外施設として自由学園明日館（東京都）、植林地（埼玉県）、那須農場（栃木県）も所有。2024年度の共学化に向けて、男子部の校舎を中等科に、女子部の校舎を高等科に改修していく。中学1年、高校1年は全員入寮の同校男子部。男子部の寮は、夜明けを告げる鶏「東天紅」からとって「東天寮」と呼ばれている。

毎日の生活が学びである同校らしく学校行事は盛んだ。修養会（二泊三日のキャンプ、アドベンチャー、ボランティア活動）体操会、音楽会、クリスマス午餐会、スキー実習など、イベントは豊富。ほか、2021年度、中等科は男女一緒に「共生学」という授業において、人権、環境、平和にかかわる24講座の中から生徒が講座を選択して学習。高等科の「探求」の授業と合わせて、展示あるいはスピーチで、学びの成果を発表する「学業報告会」の実施を中高6学年で行うなど、学校行事も毎年進化している。