自由学園の建学の精神はキリスト教精神による「真の自由人をつくる」。これを基に、自ら主体的に学び、考える力、仲間と協力して物事に取り組み、課題を解決していく力を身に付け、生きる指針となる価値観を育てる独自の人間教育「共生共創」を行っている。

女子部の教育理念は「思想しつつ　生活しつつ　祈りつつ」（Thinking Living and Praying）。1日24時間、実生活のあらゆることを総合的な学びの機会とし、責任を持って自分たちのことは自分でする生活を教師のサポートを受けながら実施している。知識や技術だけではなく、自由な思想と人々と協力しあう姿勢、周囲への思いやりを持って生きる心豊かな自由人を育成することを掲げている。

10万㎡の広さを持つ自然あふれるキャンパスが有名な同学園。幼児生活団（幼稚園）、初等科、中等科・高等科（男女別）、最高学部（大学部）が同じキャンパスで学んでいる。20世紀の世界的な建築家、フランク・ロイド・ライトの弟子である日本人建築家により、昭和初期に建てられた美しい校舎は、5棟が「東京都選定歴史的建造物」に指定され、女子部の校舎の建つエリア一帯は、2022年、東京都有形文化財に指定された。校外施設として自由学園明日館（東京都）、植林地（埼玉県）、那須農場（栃木県）も所有。2024年の共学化に向けて、男子部の校舎を中等科に、女子部の校舎を高等科に改修していく。

女子の「清風寮」への入寮は任意だが、海外や地方から自由学園に入学した生徒たち約100名が入寮している。寮には楽器や卓球台もあり、レクリエーション設備も整っている。

毎日の生活が学びである同校らしく学校行事は盛んだ。修養会（二泊三日のキャンプ、アドベンチャー、ボランティア活動）体操会、音楽会、クリスマス午餐会、スキー実習など、イベントは豊富。ほか、社会の課題にチームで取り組む「十三浜支援活動」は、高校2年と3年の有志が夏休みに東日本大震災の被災地、石巻市北上町でボランティア活動を行う。わかめ漁のお手伝いもするなど様々な経験が人を思いやる心や知識を高めている。


2021年度、中等科は男女一緒に「共生学」という授業において、人権、環境、平和にかかわる24講座の中から生徒が講座を選択して学習。高等科の「探求」の授業と合わせて、展示あるいはスピーチで、学びの成果を発表する「学業報告会」の実施を中高6学年で行った。